يعد قسم المختبر من الأقسام الحيوية للمركز حيث تتم فيه معظم التحاليل الخاصة بالمرضى والتي تساعد الأطباء في تشخيص الحالات المرضية ويهدف المختبر إلى إنجاز الفحوصات بأحدث التقنيات وبجودة عالية وخلال وقت قياسي

ويندرج تحت قسم المختبر وحدات أهمها :-

  • وحدة إستقبال العينات :

والذي يتم من خلال إستقبال العينات ومعالجتها وتوزيعها على الوحدات الأخرى ومن هذه الوحدات .

  • وحدة الكيمياء الحيوية السريرية :

ويتم في هذه الوحدة إجراء التحاليل الخاصة بالكشف عن مدى فاعلية أعضاء الجسم في آداء وظائفها المختلفة كوظائف الكلى والكبد وغيرها ….

  • وحدة الهرمون :

تختص هذه الوحدة بفحص هرمونات الجسم  ومدى فاعلية الغدد والفيتامينات  .

  • وحدة أمراض الدم :

يتم فحص الدم آلياً بأحدث الأجهزة الآلية للتعرف على العد الكلي لمكونات الدم كما يشتمل القسم على إختبار سيولة الدم في الجسم .

  • وحدة  الأحياء الدقيقة  :   وتشمل الجرثوميات والطفيليات حيث يتم الكشف عنها مجهرياً أو من خلال نموها في أوساط بيئية خاصة لتصنيفها وعمل إختبارات المضادات الحيوية عليها .
  • وحدة الفيروسات :   يتم في هذه الوحدة الكشف عن الفيروسات كإلتهاب الكبد الفيروسي (ب ، ج )  ومرض نقص المناعة المكتسب (الإيدز).
  • وحدة البلمرة الجزيئية : وهي تقنية حديثة تتعامل مع الحمض النووي ( DNA ) من خلال عزله واستخلاصه من الكائن المسبب للمرض .